Microbiote intestinal humain (GutScreen)

Descripción

Séquençage métagénomique shotgun du génome complet du microbiote intestinal humain à partir d’un échantillon de selles. Il caractérise ~2 008 espèces (bactéries, archées, champignons, parasites et virus à ADN), le résistome complet (CARD, plus de 4 500 gènes), les facteurs de virulence et toxines (VFDB) et le profil fonctionnel (HUMAnN3), à partir du même ADN, en un seul essai.

Comprend :

• Kit de prélèvement (tube DNA/RNA Shield + spatule + enveloppe préaffranchie ; envoi au laboratoire inclus)
• Extraction de l’ADN et contrôle qualité
• Séquençage shotgun PE150 (≥20 M lectures, ~6 Gb par échantillon) avec déplétion des lectures humaines (GRCh38)
• Bio-informatique complète : Kraken2/Bracken + MetaPhlAn4 + HUMAnN3 + AMRFinderPlus + CARD + VFDB
• 8 indices cliniques : GMHI, GMWI2, DI V2, EDS, Butyrate Capacity, CRC Risk, IBD (CD/UC) et C. difficile Risk
• Triage de sévérité (HIGH / MODERATE / INFORMATIONAL) et détection des confondants pharmacologiques (IPP, metformine, mésalazine, fer oral)
• Stewardship antimicrobien aligné sur EUCAST 2025 / IDSA / SEIMC
• Rapport clinique PDF (14 sections) signé par un biologiste de santé

Délai :

Jusqu’à 30 jours à compter de la réception de l’échantillon au laboratoire.

Échantillon :

Selles fraîches (2-5 g) en tube avec stabilisant DNA/RNA Shield (kit inclus). Aucun jeûne requis. Stable à température ambiante jusqu’à 30 jours.

Outil d’aide à la décision clinique ; ne constitue pas un diagnostic médical à lui seul. La détection de gènes de résistance n’équivaut pas à une résistance phénotypique (EUCAST 2025).