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Metagenómica shotgun · Microbioma intestinal

Microbioma intestinal humano

Secuenciación metagenómica completa de una muestra de heces: taxonomía a nivel de especie, resistoma, virulencia, perfil funcional y 8 índices clínicos integrados en un único informe. Del dato a la decisión clínica.

~2.008especies + arqueas
4.500+genes de resistencia (CARD)
8índices clínicos validados
30 díashasta el informe
Qué mide

Un solo ensayo, cobertura completa

La secuenciación shotgun del genoma completo microbiano supera las limitaciones del coprocultivo, los paneles PCR y la secuenciación 16S: no se limita a quién está, sino que describe qué hace y qué riesgo acompaña.

Perfil taxonómico

~2.008 especies bacterianas y arqueas (Kraken2/Bracken + MetaPhlAn4). Enteropatógenos (Salmonella, Shigella, Campylobacter, C. difficile, E. coli STEC/EIEC/ETEC) y patobiontes oportunistas.

Kraken2 · MetaPhlAn4

Resistoma (AMR)

Genes de resistencia a β-lactámicos (blaKPC, blaNDM, blaOXA, blaCTX-M), vancomicina (vanA/B), colistina (mcr) y linezolid, entre otras clases.

CARD 2025 · AMRFinderPlus

Virulencia y toxinas

TcdA/TcdB y CDT de C. difficile, CPE y NetF de C. perfringens, toxina Shiga (Stx1/Stx2), toxina colérica, BFT/ETBF y cagA/vacA de H. pylori.

VFDB · 10 paneles

Perfil funcional

HUMAnN3 (ChocoPhlAn + UniRef90): síntesis de butirato y ácidos grasos de cadena corta, metabolismo de ácidos biliares y vías MetaCyc.

HUMAnN3

Hongos, parásitos y virus

Micobioma (Candida, Aspergillus, Saccharomyces), protozoos (Giardia, Cryptosporidium, Blastocystis) y virus ADN entéricos + fagos.

Más allá de las bacterias
Del dato al juicio clínico

8 índices clínicos

Cada índice se reporta con su rendimiento (AUC e IC 95%) para que el clínico sepa exactamente qué esperar.

GMHI · GMWI2

Índices de salud del microbioma (Gupta 2020; Chang/Gupta 2024), validados en miles de metagenomas de decenas de países.

DI V2 · EDS

Dysbiosis Index (z-score, panel 8:2) y Enterotype Dysbiosis Score sobre 5 enterosignatures (Frioux 2023).

Butyrate Capacity

Capacidad butirogénica a partir de 7 géneros productores (Vital 2017), con bandas de interpretación.

CRC Risk

Firmas de especies enriquecidas en cáncer colorrectal (Piccinno/Segata 2025): triaje de priorización, no diagnóstico.

IBD CD vs UC

Scores independientes para enfermedad de Crohn y colitis ulcerosa (Zheng 2024).

C. difficile Risk

Abundancia, toxinas y entorno ecológico asociado al riesgo de recurrencia (IDSA/SHEA 2024).

Indicaciones

¿Cuándo está indicado?

Indicaciones claras

IBS-D / IBS-M refractario · caracterización CD vs UC · C. difficile recurrente (≥2 episodios) · sospecha de SIBO · disbiosis post-antibiótico con diarrea persistente >2 semanas · diarrea crónica con calprotectina normal y colonoscopia negativa.

También recomendado

Cribado de apoyo en FIT+ con colonoscopia diferida · monitorización de respuesta a FMT · evaluación pre-inmunosupresión · apoyo a la predicción de respuesta a inmunoterapia · síndrome metabólico / T2D y eje intestino-cerebro.

Cómo funciona

De la muestra al informe

1. Recogida

Kit en casa: tubo DNA/RNA Shield + espátula. Heces frescas (2-5 g), sin ayuno.

2. Extracción y QC

ADN total (ZymoBIOMICS), cuantificación y control de integridad.

3. Secuenciación

Shotgun PE150, ≥20 M lecturas (~6 Gb) con eliminación de lecturas humanas (GRCh38).

4. Informe

14 secciones, índices clínicos, resistoma y recomendaciones. Firmado por biólogo sanitario.

Muestra y envío

Heces frescas (2-5 g) en estabilizador DNA/RNA Shield (estable a temperatura ambiente hasta 30 días). Envío con etiqueta UN3373, sobre prefranqueado incluido. Sin fijadores.

Transparencia

Informes de ejemplo

Informes reales anonimizados de distintos perfiles clínicos. Mismo formato, mismas secciones e igual nivel de detalle que recibirás.

Cribado en cáncer colorrectal

Varón, 71 años. Cribado pre-decisión terapéutica; sin patógenos de prioridad alta y disbiosis leve.

Informe · PDF

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Perfil metabólico

Varón, 37 años. Evaluación pre-intervención en contexto metabólico con disbiosis moderada-severa.

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Perfil pediátrico

Varón, 12 años. Evaluación pre-intervención en contexto metabólico con disbiosis leve.

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Cribado de donante de FMT

Varón, 32 años. Veredicto «NO APTO»: detección de patógenos que excluyen la donación.

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Colitis ulcerosa en actividad

Mujer, 37 años. Monitorización de actividad; la clínica inflamatoria prevalece sobre la disbiosis leve.

Informe · PDF

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Del dato bruto a la decisión clínica

Un único ensayo de heces: taxonomía, resistoma, virulencia, perfil funcional e índices clínicos integrados.

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