Predicción de neoantígenos y unión a HLA
A partir de tus variantes somáticas y los alelos HLA del paciente: predicción de unión péptido–HLA y priorización de neoantígenos candidatos con un predictor de código abierto (sin dependencia de licencias privativas).
De la mutación al candidato
Convertimos las variantes del tumor en péptidos mutantes, predecimos su unión a los alelos HLA del paciente y los ordenamos por potencial inmunogénico.
Péptidos mutantes
Traducción de variantes (missense e indels in-frame) a péptidos de la longitud adecuada para el MHC de clase I.
8–11 aaUnión péptido–HLA
Predicción de afinidad (IC50) y percentil con MHCflurry (clase I); clasificación en binder y strong binder.
IC50 · %rankTipificación HLA
Partimos de la tipificación HLA del paciente (de secuenciación o la que aportes) para restringir la predicción a sus alelos.
A/B/CPriorización
Ranking por agretopicidad (mejor unión del mutante que del wild-type) para destacar los candidatos más específicos del tumor.
log₂(wt/mt)Flujo pVACseq
Flujo completo desde el VCF anotado (VEP) + HLA hasta la tabla de epítopos filtrados, con el predictor configurado.
VEP + pVACseqResultados
Tabla de epítopos priorizados con gen, mutación, péptido, alelo, IC50 y percentil; resumen de los candidatos principales.
TSV + informeCuatro pasos
1. Datos
VCF somático anotado (VEP) + alelos HLA del paciente.
2. Péptidos
Generación de péptidos mutantes y wild-type.
3. Predicción
MHCflurry para cada péptido × alelo del paciente.
4. Priorización
Ranking por agretopicidad e informe de candidatos.
Qué incluye
Generación de péptidos mutantes, predicción de unión a los alelos HLA del paciente, clasificación binder/strong, priorización por agretopicidad e informe. Descuentos por volumen y académico.
Límites honestos
La predicción cubre MHC de clase I con un predictor de código abierto. Un buen binder no implica inmunogenicidad: el ranking prioriza candidatos que la validación experimental (p. ej. multímeros, ELISpot) debe confirmar. La clase II queda fuera por licencia. Entregamos todo como investigación (RUO).
Otros servicios de investigación
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