Genotipado por low-pass WGS e imputación
Secuenciamos el genoma a baja cobertura y reconstruimos los genotipos por imputación: millones de variantes, incluidas las propias de tu raza o población. Laboratorio propio.
¿Qué es el genotipado por low-pass WGS?
Es secuenciar el genoma a baja cobertura (0,1–1×) y reconstruir los genotipos por imputación a partir de un panel de referencia. En lugar de un chip con un número fijo de marcadores, obtienes millones de variantes del genoma completo —incluidas las propias de cada raza o población— y el dato se puede reanalizar en el futuro sin volver a secuenciar.
¿Cuándo conviene low-pass WGS en lugar de un chip?
- Cuando no existe chip comercial para tu especie o raza.
- Cuando quieres variantes de secuencia (alelos raros, variantes propias de la población), no solo el conjunto fijo de un array.
- Cuando genotipas poblaciones enteras y quieres reducir el sesgo de selección del chip.
- Cuando prevés reanalizar los datos más adelante (el array es un dato cerrado).
- A partir de lotes grandes, el coste por muestra cae por debajo del chip.
Honestidad técnica: la exactitud de la imputación depende del panel de referencia. Con un buen panel, 0,1–0,5× alcanza concordancias superiores al chip de densidad media. Sin panel adecuado para tu población, la imputación pierde precisión — te lo decimos antes de cotizar.
El proceso, paso a paso
- Consulta técnica — especie, nº de muestras, objetivo y si existe panel de referencia.
- Muestras — frotis, sangre EDTA o tejido según el caso.
- Librería y secuenciación — low-pass WGS sobre plataforma DNBSEQ (propia).
- Imputación y control de calidad — genotipos imputados + informe de calidad por muestra.
- Entrega — VCF/PLINK + informe; integración con tu sistema de evaluación si lo hay.
Precios orientativos
Por proyecto, según profundidad, volumen y necesidad de panel. IVA no incluido.
Low-pass WGS + imputación
0,1–0,2× + imputación + informe de calidad
- Secuenciación low-pass (0,1–0,2×)
- Imputación con panel de referencia
- Informe de calidad por muestra
- Entrega VCF / PLINK
- 30–40 €/muestra en lotes medios
Identidad exigente
Parentesco ISAG · legal / forense · clínico
- Librería PCR-free (sin sesgo ni duplicados)
- Índices UDI completos (sin cruce de muestras)
- Trazabilidad de identidad documentada
- Informe apto para uso legal / parentesco
Panel de referencia
Para tu raza o población
- Secuenciación profunda de la población de referencia
- Construcción de panel haplotípico
- Validación de imputación
- Habilita el genotipado low-pass barato de esa raza
Dos condiciones de la línea estándar, para que el precio sea real: hace falta panel de imputación y el lote debe llenar la corrida (trabajamos por corridas agregadas). Si tu proyecto es de pocas muestras, te lo diremos y buscaremos encajarlo.
También imputamos genotipos ya generados: 1.500–3.000 €/proyecto (hasta 1.000 muestras).
¿Low-pass WGS o chip?
- Marcadores: chip 50–100K fijos · low-pass millones (incluye variantes propias de raza).
- Especies sin chip: no disponible en chip · sí en low-pass.
- Reanálisis futuro: el array es un dato cerrado · el low-pass se reanaliza.
- Precio por muestra: chip 18–28 € · low-pass 25–40 € (baja con volumen).
- Punto óptimo: chip en lotes pequeños · low-pass en lotes grandes + panel.
¿Tienes un caso para consultar?
Cuéntanos especie, número de muestras y objetivo: te decimos si el low-pass te conviene, si hace falta panel y qué precio tendría.