Génotypage low-pass WGS et imputation
Nous séquençons le génome à faible couverture et reconstruisons les génotypes par imputation : des millions de variants, y compris ceux propres à votre race ou population. Laboratoire intégré.
Qu’est-ce que le génotypage low-pass WGS ?
C’est séquencer le génome à faible couverture (0,1–1×) et reconstruire les génotypes par imputation à partir d’un panel de référence. Au lieu d’une puce à marqueurs fixes, vous obtenez des millions de variants sur tout le génome —y compris celles propres à chaque race ou population— et la donnée peut être réanalysée plus tard sans re-séquencer.
Quand le low-pass WGS est-il préférable à une puce ?
- Quand il n’existe pas de puce commerciale pour votre espèce ou race.
- Quand vous voulez des variants de séquence (allèles rares, variants propres à la population).
- Quand vous génotypez des populations entières et voulez réduire le biais de la puce.
- Quand vous prévoyez de réanalyser les données (une puce est une donnée fermée).
- Pour de grands lots, le coût par échantillon passe sous celui d’une puce.
Honnêteté technique : la précision de l’imputation dépend du panel de référence. Avec un bon panel, 0,1–0,5× dépasse la concordance des puces de densité moyenne. Sans panel adapté à votre population, l’imputation perd en précision — nous vous le disons avant de chiffrer.
Le processus, étape par étape
- Consultation technique — espèce, nombre d’échantillons, objectif et existence d’un panel.
- Échantillons — écouvillon, sang EDTA ou tissu selon le cas.
- Banque et séquençage — low-pass WGS sur plateforme DNBSEQ (intégrée).
- Imputation et contrôle qualité — génotypes imputés + rapport qualité par échantillon.
- Livraison — VCF/PLINK + rapport ; intégration à votre système d’évaluation le cas échéant.
Prix indicatifs
Par projet, selon profondeur, volume et besoin de panel. Hors TVA.
Low-pass WGS + imputation
0,1–0,2× + imputation + rapport QC
- Séquençage low-pass (0,1–0,2×)
- Imputation avec panel de référence
- Rapport qualité par échantillon
- Livraison VCF / PLINK
- 30–40 €/échantillon pour des lots moyens
Travaux d’identité critique
Filiation ISAG · légal / forensique · clinique
- Banque PCR-free (sans biais ni duplicats)
- Index UDI complets (sans mélange d’échantillons)
- Traçabilité d’identité documentée
- Rapport adapté à un usage légal / filiation
Panel de référence
Pour votre race ou population
- Séquençage profond de la population de référence
- Construction du panel haplotypique
- Validation de l’imputation
- Rend le génotypage low-pass économique pour cette race
Deux conditions de la ligne standard, pour un prix réel : un panel de référence est nécessaire et le lot doit remplir le run (nous travaillons en runs regroupés). Si votre projet compte peu d’échantillons, nous vous le dirons et chercherons à l’intégrer.
Nous imputons aussi des génotypes déjà générés : 1 500–3 000 €/projet (jusqu’à 1 000 échantillons).
Low-pass WGS ou puce ?
- Marqueurs : puce 50–100K fixes · low-pass des millions.
- Espèces sans puce : indisponible · oui en low-pass.
- Réanalyse future : une puce est fermée · le low-pass se réanalyse.
- Prix par échantillon : puce 18–28 € · low-pass 25–40 €.
- Point optimal : puce pour petits lots · low-pass pour grands lots + panel.
Un cas à étudier ?
Indiquez l’espèce, le nombre d’échantillons et l’objectif : nous vous dirons si le low-pass vous convient, si un panel est nécessaire et à quel prix.