Microbiote intestinal humain
Séquençage métagénomique complet d’un échantillon de selles : taxonomie au niveau de l’espèce, résistome, virulence, profil fonctionnel et 8 indices cliniques intégrés dans un seul rapport. De la donnée à la décision clinique.
Un seul essai, une couverture complète
Le séquençage shotgun du génome microbien complet dépasse les limites de la coproculture, des panels PCR et du séquençage 16S : il ne se limite pas à qui est présent, mais décrit ce qu’il fait et quel risque l’accompagne.
Profil taxonomique
~2.008 espèces bactériennes et archées (Kraken2/Bracken + MetaPhlAn4). Entéropathogènes (Salmonella, Shigella, Campylobacter, C. difficile, E. coli STEC/EIEC/ETEC) et pathobiontes opportunistes.
Kraken2 · MetaPhlAn4Résistome (AMR)
Gènes de résistance aux β-lactamines (blaKPC, blaNDM, blaOXA, blaCTX-M), à la vancomycine (vanA/B), à la colistine (mcr) et au linézolide, entre autres classes.
CARD 2025 · AMRFinderPlusVirulence et toxines
TcdA/TcdB et CDT de C. difficile, CPE et NetF de C. perfringens, toxine de Shiga (Stx1/Stx2), toxine cholérique, BFT/ETBF et cagA/vacA de H. pylori.
VFDB · 10 panelsProfil fonctionnel
HUMAnN3 (ChocoPhlAn + UniRef90) : synthèse de butyrate et d’acides gras à chaîne courte, métabolisme des acides biliaires et voies MetaCyc.
HUMAnN3Champignons, parasites et virus
Mycobiome (Candida, Aspergillus, Saccharomyces), protozoaires (Giardia, Cryptosporidium, Blastocystis) et virus à ADN entériques + phages.
Au-delà des bactériesIndices + triage clinique
8 indices cliniques avec AUC publiée, triage de sévérité (HIGH/MODERATE/INFORMATIONAL) et détection des facteurs confondants pharmacologiques.
GMHI · GMWI2 · EDS8 indices cliniques
Chaque indice est rapporté avec sa performance (AUC et IC 95%) afin que le clinicien sache exactement à quoi s’attendre.
GMHI · GMWI2
Indices de santé du microbiote (Gupta 2020 ; Chang/Gupta 2024), validés sur des milliers de métagénomes de dizaines de pays.
DI V2 · EDS
Dysbiosis Index (z-score, panel 8:2) et Enterotype Dysbiosis Score sur 5 enterosignatures (Frioux 2023).
Butyrate Capacity
Capacité butyrogénique à partir de 7 genres producteurs (Vital 2017), avec des bandes d’interprétation.
CRC Risk
Signatures d’espèces enrichies dans le cancer colorectal (Piccinno/Segata 2025) : triage de priorisation, pas un diagnostic.
IBD CD vs UC
Scores indépendants pour la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse (Zheng 2024).
C. difficile Risk
Abondance, toxines et environnement écologique associé au risque de récidive (IDSA/SHEA 2024).
Quand est-il indiqué ?
Indications claires
IBS-D / IBS-M réfractaire · caractérisation CD vs UC · C. difficile récurrent (≥2 épisodes) · suspicion de SIBO · dysbiose post-antibiotique avec diarrhée persistante >2 semaines · diarrhée chronique avec calprotectine normale et coloscopie négative.
Également recommandé
Dépistage de soutien en cas de FIT+ avec coloscopie différée · suivi de la réponse à la FMT · évaluation avant immunosuppression · aide à la prédiction de la réponse à l’immunothérapie · syndrome métabolique / T2D et axe intestin-cerveau.
De l’échantillon au rapport
1. Prélèvement
Kit à domicile : tube DNA/RNA Shield + spatule. Selles fraîches (2-5 g), sans jeûne.
2. Extraction et QC
ADN total (ZymoBIOMICS), quantification et contrôle d’intégrité.
3. Séquençage
Shotgun PE150, ≥20 M lectures (~6 Gb) avec élimination des lectures humaines (GRCh38).
4. Rapport
14 sections, indices cliniques, résistome et recommandations. Signé par un biologiste de la santé.
Échantillon et envoi
Selles fraîches (2-5 g) dans un stabilisateur DNA/RNA Shield (stable à température ambiante jusqu’à 30 jours). Envoi avec étiquette UN3373, enveloppe pré-affranchie incluse. Sans fixateurs.
Délai et livraison
Rapport clinique PDF en jusqu’à 30 jours à compter de la réception de l’échantillon, téléchargeable depuis le portail. Comprend la consultation d’interprétation et le suivi longitudinal.
Rapports d’exemple
Rapports réels anonymisés de différents profils cliniques. Même format, mêmes sections et même niveau de détail que vous recevrez.
Dépistage du cancer colorectal
Homme, 71 ans. Dépistage avant décision thérapeutique ; sans pathogènes de priorité élevée et dysbiose légère.
Rapport · PDFProfil métabolique
Homme, 37 ans. Évaluation avant intervention en contexte métabolique avec dysbiose modérée à sévère.
Rapport · PDFProfil pédiatrique
Garçon, 12 ans. Évaluation avant intervention en contexte métabolique avec dysbiose légère.
Rapport · PDFDépistage de donneur de FMT
Homme, 32 ans. Verdict « NO APTE » : détection de pathogènes excluant le don.
Rapport · PDFColite ulcéreuse en activité
Femme, 37 ans. Suivi de l’activité ; la clinique inflammatoire prévaut sur la dysbiose légère.
Rapport · PDFDe la donnée brute à la décision clinique
Un seul essai sur selles : taxonomie, résistome, virulence, profil fonctionnel et indices cliniques intégrés.