Analyse épigénétique de la chromatine et de la méthylation
Du FASTQ au résultat : appel de pics pour ATAC-seq et ChIP-seq (MACS3) et profil de méthylation de l’ADN par WGBS (Bismark), avec contrôle qualité et résumé interprétable.
Deux familles, un flux reproductible
Nous analysons les données de votre séquençage épigénétique déjà obtenu, avec des pipelines versionnés et un contrôle qualité par échantillon.
ATAC-seq — accessibilité
Alignement, contrôle qualité (tailles de fragment, enrichissement en TSS) et appel de pics de chromatine ouverte.
MACS3 · QCChIP-seq — facteurs et marques
Appel de pics avec contrôle optionnel ; mode narrow pour les facteurs de transcription et broad pour les marques histoniques larges.
narrow / broadWGBS — méthylation de l’ADN
Alignement bisulfite avec Bismark, extraction de la méthylation par cytosine et profil global (CpG) par échantillon.
Bismark · %mCRésumé des pics
Nombre de pics, coordonnées, valeur q et sommet (summit) par région ; tableau prêt pour une analyse ultérieure.
narrowPeak / broadPeakRésumé de la méthylation
Méthylation globale (%mC), %mC moyen par CpG et nombre de CpGs couverts ; base pour comparer les conditions.
%mC globalÉtapes suivantes
Sur les pics : annotation aux gènes, motifs et régions différentielles. Sur la méthylation : régions différentiellement méthylées (DMR) et annotation.
Sur demandeDe la lecture au résultat
1. Données
FASTQ (ou BAM) + référence de génome ; pour ChIP, le contrôle s’il existe.
2. Alignement
Mapping et contrôle qualité par échantillon.
3. Analyse
Appel de pics (MACS3) ou extraction de la méthylation (Bismark).
4. Résultat
Pics (narrowPeak/broadPeak) ou profil de méthylation + résumé.
Ce qui est inclus
Alignement, contrôle qualité, appel de pics (ATAC/ChIP) ou profil de méthylation (WGBS), tableaux de résultats et un résumé interprétable. Annotations et DMR en option. Remises pour volume et académiques.
Limites honnêtes
Avec peu de données ou un séquençage single-end, l’appel de pics nécessite des ajustements (nomodel/extsize) que nous documentons. Les régions différentiellement méthylées (DMR) sont une étape supplémentaire. Nous livrons tout comme recherche (RUO).
Autres services de recherche
Nous analysons votre épigénétique ?
Décrivez-nous le test (ATAC/ChIP/WGBS), le nombre d’échantillons et la référence ; nous vous renvoyons devis et délai sous 48 h.