Análise epigenómica de cromatina e metilação
Do FASTQ ao resultado: chamada de picos para ATAC-seq e ChIP-seq (MACS3) e perfil de metilação de ADN por WGBS (Bismark), com controlo de qualidade e resumo interpretável.
Duas famílias, um fluxo reprodutível
Analisamos os dados da tua sequenciação epigenómica já obtida, com pipelines versionados e controlo de qualidade por amostra.
ATAC-seq — acessibilidade
Alinhamento, controlo de qualidade (tamanhos de fragmento, enriquecimento em TSS) e chamada de picos de cromatina aberta.
MACS3 · QCChIP-seq — fatores e marcas
Peak calling com controlo opcional; modo narrow para fatores de transcrição e broad para marcas histónicas largas.
narrow / broadWGBS — metilação de ADN
Alinhamento bisulfito com Bismark, extração de metilação por citosina e perfil global (CpG) por amostra.
Bismark · %mCResumo de picos
Número de picos, coordenadas, valor q e cume (summit) por região; tabela pronta para análise posterior.
narrowPeak / broadPeakResumo de metilação
Metilação global (%mC), %mC médio por CpG e número de CpGs cobertos; base para comparar condições.
%mC globalPassos seguintes
Sobre os picos: anotação a genes, motivos e regiões diferenciais. Sobre a metilação: regiões diferencialmente metiladas (DMR) e anotação.
A pedidoDa leitura ao resultado
1. Dados
FASTQ (ou BAM) + referência de genoma; para ChIP, o controlo, se existir.
2. Alinhamento
Mapping e controlo de qualidade por amostra.
3. Análise
Peak calling (MACS3) ou extração de metilação (Bismark).
4. Resultado
Picos (narrowPeak/broadPeak) ou perfil de metilação + resumo.
O que inclui
Alinhamento, controlo de qualidade, peak calling (ATAC/ChIP) ou perfil de metilação (WGBS), tabelas de resultados e um resumo interpretável. Anotações e DMRs como ampliação. Descontos por volume e académico.
Limites honestos
Com poucos dados ou sequenciação single-end, o peak calling requer ajustes (nomodel/extsize) que documentamos. As regiões diferencialmente metiladas (DMR) são um passo adicional. Entregamos tudo como investigação (RUO).
Outros serviços de investigação
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Diz-nos o ensaio (ATAC/ChIP/WGBS), o número de amostras e a referência; devolvemos-te orçamento e prazo em 48 h.