Microbioma intestinale umano (GutScreen)

Descripción

Sequenziamento metagenomico shotgun dell’intero genoma del microbioma intestinale umano a partire da un campione di feci. Caratterizza ~2.008 specie (batteri, archei, funghi, parassiti e virus a DNA), il resistoma completo (CARD, oltre 4.500 geni), i fattori di virulenza e le tossine (VFDB) e il profilo funzionale (HUMAnN3), tutto dallo stesso DNA in un unico saggio.

Include:

• Kit di raccolta del campione (tubo DNA/RNA Shield + spatola + busta prepagata; spedizione al laboratorio inclusa)
• Estrazione del DNA e controllo di qualità
• Sequenziamento shotgun PE150 (≥20 M letture, ~6 Gb per campione) con rimozione delle letture umane (GRCh38)
• Bioinformatica completa: Kraken2/Bracken + MetaPhlAn4 + HUMAnN3 + AMRFinderPlus + CARD + VFDB
• 8 indici clinici: GMHI, GMWI2, DI V2, EDS, Butyrate Capacity, CRC Risk, IBD (CD/UC) e C. difficile Risk
• Triage di severità (HIGH / MODERATE / INFORMATIONAL) e rilevazione dei confondenti farmacologici (IPP, metformina, mesalazina, ferro orale)
• Stewardship antimicrobico allineato a EUCAST 2025 / IDSA / SEIMC
• Referto clinico PDF (14 sezioni) firmato da biologo sanitario

Tempi:

Fino a 30 giorni dalla ricezione del campione in laboratorio.

Campione:

Feci fresche (2-5 g) in tubo con stabilizzante DNA/RNA Shield (kit incluso). Non richiede digiuno. Stabile a temperatura ambiente fino a 30 giorni.

Strumento di supporto alla decisione clinica; non costituisce diagnosi medica da solo. Il rilevamento di geni di resistenza non equivale a resistenza fenotipica (EUCAST 2025).