Análisis epigenómico de cromatina y metilación
Del FASTQ al resultado: llamada de picos para ATAC-seq y ChIP-seq (MACS3) y perfil de metilación de ADN por WGBS (Bismark), con control de calidad y resumen interpretable.
Dos familias, un flujo reproducible
Analizamos los datos de tu secuenciación epigenómica ya obtenida, con pipelines versionados y control de calidad por muestra.
ATAC-seq — accesibilidad
Alineamiento, control de calidad (tamaños de fragmento, enriquecimiento en TSS) y llamada de picos de cromatina abierta.
MACS3 · QCChIP-seq — factores y marcas
Peak calling con control opcional; modo narrow para factores de transcripción y broad para marcas histónicas anchas.
narrow / broadWGBS — metilación de ADN
Alineamiento bisulfito con Bismark, extracción de metilación por citosina y perfil global (CpG) por muestra.
Bismark · %mCResumen de picos
Número de picos, coordenadas, valor q y cumbre (summit) por región; tabla lista para análisis posterior.
narrowPeak / broadPeakResumen de metilación
Metilación global (%mC), %mC medio por CpG y número de CpGs cubiertos; base para comparar condiciones.
%mC globalSiguientes pasos
Sobre los picos: anotación a genes, motivos y regiones diferenciales. Sobre la metilación: regiones diferencialmente metiladas (DMR) y anotación.
Bajo peticiónDe la lectura al resultado
1. Datos
FASTQ (o BAM) + referencia de genoma; para ChIP, el control si lo hay.
2. Alineamiento
Mapping y control de calidad por muestra.
3. Análisis
Peak calling (MACS3) o extracción de metilación (Bismark).
4. Resultado
Picos (narrowPeak/broadPeak) o perfil de metilación + resumen.
Qué incluye
Alineamiento, control de calidad, peak calling (ATAC/ChIP) o perfil de metilación (WGBS), tablas de resultados y un resumen interpretable. Anotaciones y DMRs como ampliación. Descuentos por volumen y académico.
Límites honestos
Con pocos datos o secuenciación single-end, el peak calling requiere ajustes (nomodel/extsize) que documentamos. Las regiones diferencialmente metiladas (DMR) son un paso adicional. Entregamos todo como investigación (RUO).
Otros servicios de investigación
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