Technologie DNBSEQ™
En quoi la technologie DNBSEQ™ diffère-t-elle des méthodes plus traditionnelles ?
Précision accrue — Efficacité supérieure
Fonctionnement de la technologie DNBSEQ™ dans les plateformes de séquençage NGS
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Cette technologie appelée DNBSEQ repose sur des nanobilles d’ADN (DNB). Créées pendant la préparation des librairies, les DNB compactes sont chargées dans des cellules de flux et la séquence est lue avec quatre sondes fluorescentes reconnaissant les quatre bases de l’ADN. Des lasers excitent ensuite les sondes tandis que des millions d’images sont prises pour identifier les bases. Ces images passent par une analyse d’images suivie d’une analyse bioinformatique pour identifier les variants pathogènes et probablement pathogènes détectés.
Pendant la préparation de la librairie de séquençage, des molécules d’ADN circulaire simple brin (ssCirDNA) sont créées. Les fragments typiques d’ADN double brin, avec des séquences adaptatrices aux extrémités terminales, sont chauffés pour générer de l’ADNsb. Un oligonucléotide s’hybride aux deux extrémités de l’ADNsb pour former des cercles ‘nicked’ tandis qu’une ADN ligase répare le ‘nick’, créant des cercles complets simple brin.
En utilisant le cercle simple brin, la réplication en cercle roulant (RCR) crée des milliards de nanobilles d’ADN (DNB) dans un seul tube. Chaque copie est réalisée à partir du cercle d’ADN original, éliminant les erreurs d’amplification clonale et réduisant les biais de contenu GC et les abandons typiquement causés par la PCR.
Les DNB sont chargées dans des ‘flow cells’, qui présentent un réseau avec un motif de sites de liaison de ~200 nm uniformément espacés à des distances submicrométriques. Chaque site lie un seul DNB, garantissant un haut débit de lectures précises avec un signal net et sans interférences des DNB adjacents.
À partir de là, la chimie de synthèse combinatoire sonde-ancre (cPAS) hybride les amorces de séquençage aux DNB, et les sondes marquées par fluorescence à terminaison réversible sont incorporées par une ADN polymérase brevetée lors de cycles de séquençage consécutifs. Les sondes fluorescentes sont ensuite excitées à la lumière laser et la matrice de DNB est visualisée par caméras.