Si vous avez réalisé un test génétique — qu’il s’agisse d’un exome, d’un panel de gènes ou d’un séquençage du génome complet — il est probable que votre rapport contienne un ou plusieurs Variants de signification incertaine, communément abrégés en VUS. C’est la classification la plus fréquente et, en même temps, celle qui suscite le plus de questions.
Le système de classification ACMG
Les directives internationales ACMG/AMP (Richards et al., 2015) établissent cinq catégories pour chaque variant génétique :
- Pathogène (P) — cause directement ou contribue à la maladie.
- Probablement pathogène (LP) — preuves solides mais non concluantes de pathogénicité.
- VUS — preuves insuffisantes pour classer dans l’une ou l’autre direction.
- Probablement bénin (LB) — les preuves suggèrent qu’il est inoffensif.
- Bénin (B) — n’a clairement aucun effet clinique.
Pourquoi y a-t-il autant de VUS ?
Plus vous analysez de gènes, plus vous trouverez de VUS. Un exome typique peut révéler des centaines de VUS ; un génome complet, des milliers. C’est tout à fait normal et ne devrait pas être une source d’inquiétude.
La raison est statistique : le génome humain contient des millions de variants par rapport à la référence, et pour la plupart d’entre eux, il n’existe pas encore suffisamment de preuves cliniques dans un sens ou dans l’autre. Chaque année, des milliers d’études fonctionnelles et d’association sont publiées qui reclassifient des variants de VUS en pathogène ou bénin.
Que faire avec un VUS dans votre rapport ?
1. Ne l’ignorez pas, mais ne le surinterpretez pas non plus
Notez tout VUS apparaissant dans des gènes pertinents par rapport à votre histoire clinique ou familiale. Ce sont ceux qui ont le plus de chances d’être reclassifiés à l’avenir.
2. Consultez un généticien clinicien
Un généticien clinicien peut évaluer si le VUS est pertinent dans votre contexte spécifique : Avez-vous des antécédents familiaux ? Le phénotype correspond-il ? Des études de ségrégation sont-elles possibles ?
3. Profitez de la réanalyse périodique
Chez OmicaLabs, tous les rapports GenePortal sont automatiquement mis à jour lorsque les bases de données cliniques (ClinVar, gnomAD) reclassifient des variants. Ce qui est un VUS aujourd’hui pourrait être reclassifié comme bénin — ou pathogène — d’ici un an.
Un fait encourageant
Selon des études récentes, environ 90 % des VUS qui sont reclassifiés s’avèrent être bénins. Seul un faible pourcentage est reclassifié comme pathogène, et lorsque cela se produit, la réanalyse automatique garantit que vous ne le manquerez pas.
Si vous avez des questions concernant un variant dans votre rapport, contactez-nous ou prenez rendez-vous avec notre équipe de génétique clinique.