Prédiction de néoantigènes et liaison au HLA
À partir de vos variants somatiques et des allèles HLA du patient : prédiction de la liaison peptide–HLA et priorisation des néoantigènes candidats avec un prédicteur open source (sans dépendance à des licences propriétaires).
De la mutation au candidat
Nous convertissons les variants de la tumeur en peptides mutants, prédisons leur liaison aux allèles HLA du patient et les classons par potentiel immunogénique.
Peptides mutants
Traduction des variants (missense et indels in-frame) en peptides de longueur adaptée au MHC de classe I.
8–11 aaLiaison peptide–HLA
Prédiction d’affinité (IC50) et percentile avec MHCflurry (classe I) ; classification en binder et strong binder.
IC50 · %rankTypage HLA
Nous partons du typage HLA du patient (issu du séquençage ou fourni par vos soins) pour restreindre la prédiction à ses allèles.
A/B/CPriorisation
Classement par agrétopicité (meilleure liaison du mutant que du wild-type) pour mettre en avant les candidats les plus spécifiques de la tumeur.
log₂(wt/mt)Flux pVACseq
Flux complet depuis le VCF annoté (VEP) + HLA jusqu’au tableau d’épitopes filtrés, avec le prédicteur configuré.
VEP + pVACseqRésultats
Tableau d’épitopes priorisés avec gène, mutation, peptide, allèle, IC50 et percentile ; résumé des principaux candidats.
TSV + rapportQuatre étapes
1. Données
VCF somatique annoté (VEP) + allèles HLA du patient.
2. Peptides
Génération de peptides mutants et wild-type.
3. Prédiction
MHCflurry pour chaque peptide × allèle du patient.
4. Priorisation
Classement par agrétopicité et rapport de candidats.
Ce qui est inclus
Génération de peptides mutants, prédiction de liaison aux allèles HLA du patient, classification binder/strong, priorisation par agrétopicité et rapport. Remises pour volume et académiques.
Limites honnêtes
La prédiction couvre le MHC de classe I avec un prédicteur open source. Un bon binder n’implique pas l’immunogénicité : le classement priorise des candidats que la validation expérimentale (p. ex. multimères, ELISpot) doit confirmer. La classe II est exclue pour des raisons de licence. Nous livrons tout comme recherche (RUO).
Nous priorisons vos néoantigènes ?
Envoyez-nous le VCF somatique annoté et le typage HLA ; nous vous renvoyons devis et délai sous 48 h.