Predizione di neoantigeni e legame a HLA
A partire dalle tue varianti somatiche e dagli alleli HLA del paziente: predizione del legame peptide–HLA e prioritizzazione dei neoantigeni candidati con un predittore open source (senza dipendenza da licenze proprietarie).
Dalla mutazione al candidato
Convertiamo le varianti del tumore in peptidi mutanti, prevediamo il loro legame agli alleli HLA del paziente e li ordiniamo per potenziale immunogenico.
Peptidi mutanti
Traduzione delle varianti (missense e indel in-frame) in peptidi della lunghezza adeguata per l’MHC di classe I.
8–11 aaLegame peptide–HLA
Predizione di affinità (IC50) e percentile con MHCflurry (classe I); classificazione in binder e strong binder.
IC50 · %rankTipizzazione HLA
Partiamo dalla tipizzazione HLA del paziente (da sequenziamento o quella che fornisci) per limitare la predizione ai suoi alleli.
A/B/CPrioritizzazione
Ranking per agretopicità (legame migliore del mutante rispetto al wild-type) per evidenziare i candidati più specifici del tumore.
log₂(wt/mt)Flusso pVACseq
Flusso completo dal VCF annotato (VEP) + HLA alla tabella degli epitopi filtrati, con il predittore configurato.
VEP + pVACseqRisultati
Tabella degli epitopi prioritizzati con gene, mutazione, peptide, allele, IC50 e percentile; riepilogo dei candidati principali.
TSV + reportQuattro passi
1. Dati
VCF somatico annotato (VEP) + alleli HLA del paziente.
2. Peptidi
Generazione di peptidi mutanti e wild-type.
3. Predizione
MHCflurry per ogni peptide × allele del paziente.
4. Prioritizzazione
Ranking per agretopicità e report dei candidati.
Cosa comprende
Generazione di peptidi mutanti, predizione del legame agli alleli HLA del paziente, classificazione binder/strong, prioritizzazione per agretopicità e report. Sconti per volume e accademici.
Limiti onesti
La predizione copre l’MHC di classe I con un predittore open source. Un buon binder non implica immunogenicità: il ranking dà priorità a candidati che la validazione sperimentale (ad es. multimeri, ELISpot) deve confermare. La classe II è esclusa per licenza. Consegniamo tutto come ricerca (RUO).
Diamo priorità ai tuoi neoantigeni?
Inviaci il VCF somatico annotato e la tipizzazione HLA; ti restituiamo preventivo e tempi in 48 h.