Epigenomica · ATAC-seq · ChIP-seq · WGBS

Analisi epigenomica della cromatina e della metilazione

Dal FASTQ al risultato: peak calling per ATAC-seq e ChIP-seq (MACS3) e profilo di metilazione del DNA tramite WGBS (Bismark), con controllo di qualità e riepilogo interpretabile.

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36 €da / campione (picchi)

120 €da / campione (WGBS)

MACS3peak calling

Bismarkmetilazione

ATAC-seq — accessibilità

Allineamento, controllo di qualità (dimensioni dei frammenti, arricchimento in TSS) e peak calling della cromatina aperta.

MACS3 · QC

ChIP-seq — fattori e marcature

Peak calling con controllo opzionale; modalità narrow per i fattori di trascrizione e broad per le marcature istoniche ampie.

narrow / broad

WGBS — metilazione del DNA

Allineamento bisolfito con Bismark, estrazione della metilazione per citosina e profilo globale (CpG) per campione.

Bismark · %mC

Riepilogo dei picchi

Numero di picchi, coordinate, valore q e summit per regione; tabella pronta per analisi successive.

narrowPeak / broadPeak

Riepilogo della metilazione

Metilazione globale (%mC), %mC medio per CpG e numero di CpG coperti; base per confrontare le condizioni.

%mC globale

Passi successivi

Sui picchi: annotazione ai geni, motivi e regioni differenziali. Sulla metilazione: regioni differenzialmente metilate (DMR) e annotazione.

Su richiesta

1. Dati

FASTQ (o BAM) + riferimento del genoma; per ChIP, il controllo se disponibile.

2. Allineamento

Mapping e controllo di qualità per campione.

3. Analisi

Peak calling (MACS3) o estrazione della metilazione (Bismark).

4. Risultato

Picchi (narrowPeak/broadPeak) o profilo di metilazione + riepilogo.

Cosa comprende

Allineamento, controllo di qualità, peak calling (ATAC/ChIP) o profilo di metilazione (WGBS), tabelle dei risultati e un riepilogo interpretabile. Annotazioni e DMR come ampliamento. Sconti per volume e accademici.

Limiti onesti

Con pochi dati o sequenziamento single-end, il peak calling richiede aggiustamenti (nomodel/extsize) che documentiamo. Le regioni differenzialmente metilate (DMR) sono un passo aggiuntivo. Consegniamo tutto come ricerca (RUO).

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