Previsão de neoantigénios e ligação a HLA
A partir das tuas variantes somáticas e dos alelos HLA do doente: previsão de ligação péptido–HLA e priorização de neoantigénios candidatos com um preditor de código aberto (sem dependência de licenças privativas).
Da mutação ao candidato
Convertemos as variantes do tumor em péptidos mutantes, prevemos a sua ligação aos alelos HLA do doente e ordenamo-los por potencial imunogénico.
Péptidos mutantes
Tradução de variantes (missense e indels in-frame) em péptidos do comprimento adequado para o MHC de classe I.
8–11 aaLigação péptido–HLA
Previsão de afinidade (IC50) e percentil com MHCflurry (classe I); classificação em binder e strong binder.
IC50 · %rankTipagem HLA
Partimos da tipagem HLA do doente (de sequenciação ou a que forneças) para restringir a previsão aos seus alelos.
A/B/CPriorização
Ranking por agretopicidade (melhor ligação do mutante do que do wild-type) para destacar os candidatos mais específicos do tumor.
log₂(wt/mt)Fluxo pVACseq
Fluxo completo desde o VCF anotado (VEP) + HLA até à tabela de epítopos filtrados, com o preditor configurado.
VEP + pVACseqResultados
Tabela de epítopos priorizados com gene, mutação, péptido, alelo, IC50 e percentil; resumo dos principais candidatos.
TSV + relatórioQuatro passos
1. Dados
VCF somático anotado (VEP) + alelos HLA do doente.
2. Péptidos
Geração de péptidos mutantes e wild-type.
3. Previsão
MHCflurry para cada péptido × alelo do doente.
4. Priorização
Ranking por agretopicidade e relatório de candidatos.
O que inclui
Geração de péptidos mutantes, previsão de ligação aos alelos HLA do doente, classificação binder/strong, priorização por agretopicidade e relatório. Descontos por volume e académico.
Limites honestos
A previsão cobre MHC de classe I com um preditor de código aberto. Um bom binder não implica imunogenicidade: o ranking prioriza candidatos que a validação experimental (p. ex. multímeros, ELISpot) deve confirmar. A classe II fica de fora por licença. Entregamos tudo como investigação (RUO).
Outros serviços de investigação
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Envia-nos o VCF somático anotado e a tipagem HLA; devolvemos-te orçamento e prazo em 48 h.